El 4 de junio de 2008 el Segundo Tribunal Unitario del Estado de México lo condenó a 36 años y 9 meses de prisión por el cargo de narcotráfico.12 Marzo de 2010 De acuerdo con la revista Contra-Línea, Mario Villanueva, utilizó el sistema financiero mexicano, para lavar al menos 100 millones de dólares, mismos que utilizó en complicidad con el ex alcalde de Cancún, Rafael Lara y el ex Secretario de Finanzas, Chejin Pulido. Este último, Testigo protegido de la DEA.

El Segundo Tribunal Unitario del Estado de México, revalorizó el extenso expediente de Mario Villanueva Madrid, ex Gobernador de Quintana Roo, y determinó reducir la sentencia de 36 años de Cárcel a los que fue sentenciado inicialmente a solo 28 años, por los delitos que cometió de Lavado de dinero, Asociación delictuosa y otros vinculados al narcotraficante Alcides Magaña (a) "El metro", Gilberto Garza García (a) "El guero Gil", Albino Quintero (a) "don Beto" y otros pertenecientes al Cartel de Amado Carrillo Fuentes El señor de los cielos. [Abril 24, 2010] La Suprema Corte de Justicia de la Nación, ha decidido aplazar la decisión del dictamen sobre la fecha de extradición del ex funcionario, según familiares cercanos.

El 8 de mayo de 2010 el gobierno de México lo extraditó a Estados Unidos, siendo entregado a las autoridades de ese país para ser juzgado por delitos contra la salud y asociación delictuosa en la Corte Federal del Distrito Sur de Nueva York.13